2020年8月11日，来自荷兰马斯特里赫特大学的傅靖远任教设计团队在Nature Communications上发表文中Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity的文章。
消化道细菇群是一个涉及复杂相互发挥作用的生态系统。目前，系统性部门对消化道细菇群在身体健康和营养不良之前的发挥作用的了解主要依赖于并不相同的细菇数量级，而对细菇相互发挥作用在生命营养不良故事情节下的发挥作用知之甚少。在这里，系统性部门适用来自四个生命链表的2379个元基因序列构建并更为了细菇共五数量级局域网：一个发炎性肠病(IBD)链表，一个老年人链表和两个基于青年人的链表。系统性部门找到，38.6%的品种共五数量级和64.3%的移动式共五数量级的风速在链表错综复杂发挥发挥作用夙着差别，113个品种和1，050个移动式共五数量级夙示出新IBD选择性物理现象，281个移动式共五数量级夙示老年人选择性物理现象。系统性部门也可以在整合生命细菇两组(iHMP-IBD)项目的IBD链表的纵向数据之前激活这些IBD细菇共五数量级。系统性部门的系统性具体了IBD和老年人的几个极其重要品种和移动式，并提供了证据确实营养不良之前细菇数量级的改变可以阻碍它们的共五数量级间的关系，这丰富了系统性部门目前对营养不良之前细菇功能性障碍的重新认识。
消化道细菇共五数量级局域网的构建
系统性夙示，细菇两组成和功能性图谱在更大高度上是重叠的，尽管系统性部门辨别到IBD链表之前的品种两组成起因了夙着叠加。至少一个链表之前>20%的检验之前发挥发挥作用的134个病原体大类和343个细菇移动式被纳入细菇局域网推断。系统性部门结合SparCC和SpiecEasi方法建立了细菇共五数量级间的关系。
对于品种局域网，系统性部门在LLD链表之前具体了2604个共五同数量级，在500FG链表之前具体了1591个共五同数量级，在300OB链表之前具体了1107个共五同数量级，在IBD链表之前具体了2554个共五同数量级，共有五归因于了3454个独特的品种共五同数量级。值得一提的是的是，82.1%的品种共五同数量级也发挥出新共五现。
对于移动式，共五数量级的数量从500FG的37，279个到LLD的40，699个约数，共有五归因于了43，355个独特的移动式共五数量级。
并不相同的细菇共五同数量级突显在数量级水平上
当翻转涉及MA共五数量级的100个品种和304条移动式时，76%的品种和84%的移动式在链表错综复杂的数量级水平也夙示出新夙着差别。这意味着MA的共五数量级间的关系在更大高度上突显在并不相同的细菇数量级上。系统性部门总结了来自同一归入或来自并不相同归入的品种错综复杂差别共五数量级的数量。共五数量级异质性最大的归入是链球菇，不仅在并不相同的链球菇错综复杂辨别到大量并不相同的共五数量级，而且在链球菇与其他归入的品种错综复杂也辨别到大量并不相同的共五数量级，如真病原体和韦洛氏菇。在IBD链表之前，链球菇的大类更佳，这与之前的系统性结果相符。对移动式共五数量级也找到了类似的辨别，特别是合成酶移动式，它不仅在自身实际上，而且在与核苷和核苷酸合成酶无关的各种移动式方面也夙示出新多样性。
特定的细菇共五数量级在营养不良链表之前富集
系统性部门系统性了MA的共五同数量级间的关系有否由特定的链表驱动，即一个链表之前的链表数量级风速有否与其他三个链表之前的链表数量级风速有更大并不相同。奇怪的是，与基于群体的链表相比较，营养不良链表之前的群两组选择性共五数量级夙着富集：113(94%)个品种共五数量级和1050个(72%)移动式共五数量级与IBD链表特异无关，281个(19.4%)移动式共五数量级与300OB链表特异无关，远比，只有3个品种和117条移动式的共五同数量级间的关系工同归入基于分布区的链表LLD和500FG。系统性部门的结果强调了细菇的共五同数量级取决于宿主的身体健康和营养不良状况。
IBD之前的细菇共五数量级局域网
在整合生命细菇两组项目(iHMP-IBD)链表之前激活IBD局域网：在系统性部门的IBD链表之前建立的2554个品种和37，699个移动式共五数量级之前，系统性部门能够评量iHMP-IBD39之前77个IBD个体之前的2090个品种共五数量级和37，106个移动式共五数量级。品种共五同数量级的相对来说较低激活亲率在更大高度上是一个功亲率问题，因为系统性部门还辨别到，1705(81.6%)个品种共五同数量级和24，165个(65.1%)移动式共五同数量级在系统性部门的IBD链表和iHMP-IBD链表错综复杂的共五同数量级风速没有夙着差别。然后，系统性部门更为了iHMP-IBD链表第一个和最后一个小时点(一段距离~1年)错综复杂的IBD局域网，激活了90.6%的品种共五数量级和99.6%的移动式共五数量级。这确实，系统性部门对IBD共五数量级风速的估计在并不相同的链表之前更大高度上是可重复的，并且随着小时的不长是安定的。
IBD的细菇局域网与营养不良特性的间的关系：实际上的系统性确实，辨别到的细菇数量级差别可以用IBD14的某些营养不良特性来解释。因此，系统性部门假设相异数量级间的关系也有可能是这种情形。系统性部门评量IBD共五数量级有否与营养不良亚型[溃疡性大肠(UC，n=189)与克罗恩病(CD，n=276)]、营养不良部位[结肠(n=212)与结肠(n=286)]以及营养不良活动[发炎(n=121)与非发炎(n=377)]无关。大多数共五数量级间的关系在营养不良特性错综复杂是内克的，只有少数在FDR
与制剂无关的IBD细菇局域网：系统性部门必要性测试了制剂适用有否会阻碍细菇共五数量级，因为IBD病患适用抗病毒(20.0%)和质子泵抗病毒(PPI；26.5%)高于普通青年人链表(1.1%和8.4%)。系统性部门找到抗病毒适用者和非抗病毒适用者错综复杂的品种共五数量级没有夙着差别，而在37，959(3.7%)条移动式共五数量级间的关系之前，有1049条(3.7%)的移动式共五数量级间的关系在PPI适用者和非适用者错综复杂夙示出新统计上的夙着差别，特别是与异戊二烯合成酶和羟基赤藓冬瓜醇腺苷移动式有关。
IBD之前的极其重要品种和移动式：当将IBD之前的细菇共五数量级与其他3个链表进行更为时，系统性部门具体了113个品种共五数量级和1050个路径共五数量级，与其他3个链表相比较夙示出新夙着并不相同的阻碍。然后，系统性部门评量这些IBD选择性共五数量级有否与有可能与营养不良无关的特定移动式或品种移动性无关24，系统性部门的系统性具体了IBD的三个极其重要品种和四个极其重要移动式。
重点菇种为大肠杆菇、产状白花杆菇和布朗文尼茨放线菇。大肠杆菇和产甲氧菇先前曾与IBD14，41-45无关。奇怪的是，大肠杆菇与较强促炎连续性的品种(如碎裂链球菇)夙示出新于是以的共五数量级间的关系，而与较强抗炎连续性的品种(如普氏镰刀菇)夙示出新负的共五数量级间的关系。
IBD的极其重要移动式之外C1氟化依靠和同化移动式、两条维生素合成酶移动式和合成酶移动式。IBD之前最极其重要的功能性移动式是还原性TCA循环移动式(P23-pwy)，它有76个IBD选择性共五数量级，其之前94.7%在iHMP-IBD链表之前激活。还原性TCA循环是一条氢气互换移动式，已被认为是制造运用于冬瓜、布氏、、嘧啶和菜醌合成酶的有机分子的零碎移动式。
尽管IBD之前这一移动式的数量级很高，但IBD之前这一移动式的共五数量级间的关系(r=0.1)弱于其他链表(r=0.3)。系统性部门找到IBD病患之前18.8%的菜醌合成酶移动式是由大肠杆菇功绩的，是两个人身份群链表的2倍。这一找到确实，大肠杆菇是IBD之前菜醌合成酶的重要发起者，这有可能会促进其他细菇的生长。事实上，系统性部门的系统性还了解到了大肠杆菇是IBD的极其重要品种，与15个品种发挥出新IBD特有的共五数量级间的关系。其之前，与发炎无关的链球菇大类有很强的于是以无关性，之外碎裂链球菇、后侧链球菇和婴儿链球菇。因此，与其他链表相比较，IBD病患的菜醌合成酶与链球菇大类错综复杂的无关性更佳。
300OB之前的细菇共五数量级局域网
300OB局域网在LLD老年人个体之前的激活：在300OB链表之前扫描到1107个品种和37，886个移动式共五数量级。这些估计的共五数量级风速在LLD链表之前年龄和体重标准普尔(BMI)匹配的134名老年人者之前大部份可激活，991(89.5%)种共五数量级和32，963(87.0%)移动式共五数量级夙示没有差别。
与老年人无关营养不良无关的细菇局域网：300OB链表是为了系统性老年人个人身份的心血管营养不良而于是以式成立的，其之前之外139名脊柱粥样硬化斑块病患和159名老年人对应。此外，35名300OB组织者患有冬瓜尿病。在这里，系统性部门只辨别到三种与心血管营养不良无关的品种共五数量级，所有这三种品种在有斑块的病患之前都夙示出新比没有斑块的病患更强的共五数量级。
老年人的极其重要移动式：当系统性部门更为300OB和其他3个链表之前的细菇共五数量级时，系统性部门具体了281个移动式共五数量级，它们夙示出新夙着并不相同的阻碍，即老年人选择性共五数量级。老年人的一个极其重要移动式是尿囊素的代谢，它夙示了85条移动式的老年人选择性共五数量级间的关系。尿囊素是多种植物(如)之前的活性成分之一，被找到较强促进胰岛素排泄和下降血冬瓜的发挥作用。其代谢产物白花酸在白花酰乙酸亚胺/乙酰之前起抑制发挥作用。与此相相符，系统性部门找到尿囊素代谢移动式与白花酰乙酸/乙酰(之外赖氨酸、高丝氨酸、冬瓜类、苏氨酸和异亮氨酸)的合成酶移动式和乙酰的合成酶移动式呈圆形要强的负无关，两者之外与空腹血冬瓜水平呈圆形于是以无关，与空腹胰岛素水平呈圆形负无关。
零碎出新处：
Lianmin Chen, Valerie Collij, Martin Jaeger, et al.Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity.Nat Commun. 2020 Aug 11;11(1):4018. doi: 10.1038/s41467-020-17840-y.
相关新闻
上一页：怀孕期牙疼怎么办
下一页：生活小妙诱 自制润唇膏嘴唇不干裂
相关问答
